立命館大学 
増山研 分子栄養学研究室

ゲノム情報の解析

exon intronの確認

  • ApEアイコンにAPEファイルをドロップし、配列を開く。必要なファイルが複数あれば全て開いておく。
  • ゲノムDNA配列とRNA配列を比較することで、exon(アミノ酸に翻訳される領域)とintron(非翻訳領域)を確認することが出来る。まず、比較したい片方のAPEファイルのTool プルダウンより、”Align Two sequences”を選択する。Align DNAの横長画面が表示されWindowの右横に比較したいファイルを選ぶ。ゲノムDNA横のrev にチェックを入れ、”OK”をクリックすると、Align解析が実行されるので、新たなファイルが表示されるのを待つ。
  • DNAとRNAがマッチする領域(exon)を挟むintronが赤く表示されるので、赤色を目印にexonの位置を確認する。

アミノ酸に翻訳されるDNA配列を調べる

  • RNAのAPEファイルを開き、ORFプルダウンより”Find Next”を選択し、ORF(翻訳可能な領域)の候補を青色で示す。その状態で再度ORFプルダウンより”Translate”をせんたくする。Translateの小さな画面が表示されるので、”OK”をクリックし、アミノ酸配列の新たな画面が表示されるのを待つ。
  • この画面のアミノ酸配列が、ゲノム情報で確認したアミノ酸配列と一致してる場合、再度ORFTranslateを選択し、Code: “3 Letter”にチェック、DNA: “Above”にチェックし、OKをクリック、アミノ酸配列と、コドン認識DNAを並列に表示する。
  • もし最初のアミノ酸配列がゲノム情報で確認したものと一致しない場合、再度ORFプルダウンの”Find Next”から繰り返す。

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