ゲノム情報の入手、保存
- Web検索サイトに「ゲノム情報」と入力し、検索結果を表示
- NARO DNA Bank URLをクリック https://www.dna.affrc.go.jp/links/jp/genome.html
- マウスの場合、“動物” カテゴリー内の “Mouse Genome Database” をクリック
- MGI Mouse Genome Informatics が表示される
画面左上部 黄色の検索欄 “Keywords, Symbols, or IDs” boxに、検索したい分子名を入力
- Quick Search Resultsが表示される。欲しい情報と思われる”Symbol”をクリック
- Gene Detailが表示される。画面が表示される。“Sequences &Gene Models”の欄の“Representative Sequences”の表より、必要な情報をチェックする。
例)ゲノムDNA配列を知りたい “genomic”の左の○にチェック
RNA配列を知りたい “transcript” の左の○にチェック
タンパクのアミノ酸配列を知りたい “polypeptide” の左の○にチェック
- 表の下のFor the selected sequence ”download in FASTA format”となっているのを確認し、”Go”をクリック
- 配列情報の画面に切り替わる
- ApEソフトウェアを起動する
- ゲノム等情報のページから配列をコピーし、ApEの新規画面にペースト
- 生物種、分子名、ゲノム、RNA、タンパクの別を記載したファイル名で保存する
例)マウス ビタミンD受容体 ゲノム の場合、mVdr gene